هانا و طاهر در حالی که در خیابان‌های نیویورک بی‌خانمان هستند، عاشق یکدیگر می‌شوند. فیلم پناهگاه به بررسی این موضوع می‌پردازد که آن‌ها چگونه به این وضعیت دچار شده‌اند و با آگاهی از گذشته آن‌ها، متوجه می‌شویم که برای ساختن آینده به یکدیگر نیاز دارند.